El Museo Nacional de Colombia es una Unidad Administrativa Especial del Ministerio de Cultura.

Equipo de trabajo
Las necesidades de gestión y el crecimiento de los servicios condujeron a desarrollar durante los últimos años una estructura interna que ha permitido en la práctica responder al cumplimiento de sus obligaciones de investigación, conservación y amplia difusión de las colecciones representativas del patrimonio cultural colombiano.

> Dirección General
Subdirección
Asesoría Jurídica
Coordinación de Eventos Especiales
Proyecto de Ampliación del Museo Nacional
Centro de Documentación
Programa Red Nacional de Museos

> Departamentos
Departamento de Arte e Historia
Departamento de Arqueología y Etnografía
Oficinas de registro

> Divisiones
División Educativa y Cultural
División de Comunicaciones
División de Museografía
División Administrativa y Financiera